一是应当首先划分清楚研发项目是否属于《国家重点支持的高新技术领域》和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2007年度)》规定的项目。对不属于上述文件规定的项目，发生的研究开发费用不能实行加计扣除。

二是应当划分清楚所发生的研究开发费用是否属于国税发〔2008〕116号文件规定的费用。对不属于该文件列明的项目费用，如门卫的工资、公司经理的汽车加油费等，不能作为加计扣除的费用。

三是对于属于共同开发或者由集团公司集中开发的研究开发项目，应当按照合理的方法划分清楚是否属于本企业应当负担的研究开发费用。

四是应当按照国税发〔2008〕116号文件的规定，向税务机关报送有关资料，及时汇集有关资料和凭证。

五是按照规定的比例加计扣除研究开发费用，对研发费用形成无形资产的，要按照规定的年限进行摊销。

另外，还有一些费用，不但不能实行加计扣除，而且也不能在税前列支。像税法不允许扣除的费用，如礼品、礼金、赞助费等。以及不属于企业自身发生的费用，如共同合作开发的项目，应当由合作的其他各方承担的研发费用。还有就是发生费用时没有取得有关票据，或者没有取得合法票据的费用，对于这些费用，纳税人应当及时做好纳税调整工作，做到依法纳税，避免涉税风险。